取材のため太宰府を訪れた竜之介と時を同じくして湯島天神を参拝した貴湖。

偽書『蘇我大臣馬子傳暦』を、なぜ幾つもの集団が命懸けで奪い合うのか?「乙巳の変(大化の改新)」は、中大兄皇子や中臣鎌足が起こした天皇へのクーデターだとする「玉兎」の真の狙いは?聖徳太子は、藤原氏が捏造した架空の人物なのか?すべての謎を解くべく、甲斐と貴湖は

社伝を奪い逃走中の諒司から呼び出しを受けた竜之介は、一人、出雲へ。

甲斐は、婚約者の聡美に誘われ、茶会に出席するため鎌倉へ二人旅。しかし、そこには貴湖と竜之介の姿が。

闇に葬られた、知られざる歴史を記した秘密の社伝。この書物を持って失踪した諒司から連絡が。

伊賀忍者の末裔にして、出賀茂神社のお気楽跡取り・鴨志田甲斐。

忍者の末裔三人組、鴨志田甲斐(伊賀服部流)、中村貴湖(伊勢服部流)、柏木竜之介(甲賀)プラス忍者犬のほうろくは、奪われた秘密の社伝を追って、長野・戸隠へ。

出賀茂神社の跡取りで忍者の血を引く甲斐は、秘密の社伝『蘇我大臣馬子傳暦』を追って、巫女の貴湖らと九州・天草へ。

諒司捜索のため、甲斐と巫女の貴湖らは奈良・吉野へ。